Istraživanje PISA 2006 treći je ciklus istraživanja u svijetu i prvi ciklus provedbe u Republici Hrvatskoj. Glavno ispitno područje bila je prirodoslovna pismenost, dok su čitalačka i matematička pismenost bila sporedna ispitna područja.
Glavno istraživanje u okviru ciklusa PISA 2006 u Hrvatskoj je provedeno u proljeće 2006. godine u 159 srednjih i 9 osnovnih škola.
Rezultati ciklusa PISA 2006 objavljeni su u prosincu 2007. godine, a dostupni su u nacionalnome izvješću.